3. fázis
A fűtőházi vágányokból a darutároló és mozdonykijáró vágányok épültek át.
4., 5. és 6. fázis
Ezekben a fázisokban került sor a sze­mély­pályaudvari rész átépítésére (18. kép), és ezekben a fázisokban épült az új utasaluljáró monolit szerkezetként (19., 20. kép).

Részlegesen épültek át a páros és páratlan állomásfejek. Az állomás végponti felében épültek az állomási vágányok, a középső részen pedig épült az utasaluljáró.
Az 5. fázisban a személypályaudvari ré­szen kívül épültek át, illetve meg a fűtőházi vágányok a végleges vágánykapcsolatokkal együtt.
A 6. fázis végére szerkezetkészen elkészült az új gyalogos-aluljáró.

7. fázis
Ebben a fázisban a végponti állomásfej épült át véglegesen. Ebben a fázisban a szabadbattyáni bal vágányt ideiglenesen, ellenívek kialakításával átkötöttük a felhúzóvágányba. A szabadbattyáni jobb vágányt, a szombathelyi és a komáromi vonalakat kizártuk a forgalomból. Így volt lehetséges elkezdeni a Hosszúsétatéri műtárgy középső részének felújítását.
A két hónapos kizárás alatt véglegesen kiépült a végponti állomásfej, és elkészült a Hosszúsétatéri műtárgy teljes felújítása.
Ebben a fázisban az utasforgalmat már az új aluljárón és az új D peronon keresztül kellett lebonyolítani. Így már el lehetett bontani az ideiglenes utasátjárót, és ki lehetett építeni az I.–IV. sz. vágányokat az utasperonokkal együtt. Ekkor a III. és IV. sz. vágányok kezdőpont felőli bekötése csak ideiglenesen volt megoldható, mivel a II. sz. torony elbontása még nem volt lehetséges.
A fázis végén, a szabadbattyáni bal vágány ideiglenes átkötését megszüntettük, és így a végponti állomásfej véglegesen kialakult.
8. fázis
Az új elektronikus biztosítóberendezés üzembe helyezésének a fázisa volt. Ebben a fázisban a pályaépítésnél csak utómunka jellegű munkákat lehetett végezni.
9. fázis
Az új elektronikus biztosítóberendezés nem volt illeszthető a meglévő régi és elavult két típusú biztosítóberendezéssel, emiatt bizonyos pályaépítési munkákat már csak az új biztosítóberendezés üzembe helyezése után, ebben a fázisban lehetett elvégezni.
A fázis kezdésének feltétele volt, hogy az utasforgalmat már az állomás I.–IV. sz. vágányain lehessen lebonyolítani. Ekkor a II. torony még állt, így a IV. sz. vágány a kezdőpont felől ideiglenes nyomvonalon volt bekötve a páros állomásfejbe. Az V. és VI. sz. vágányok kezdőponti részének megépítése és a páros fejbe való bekötése is csak a torony bontása után volt lehetséges.
Elbontottunk 2 csoport ideiglenes kitérőt, melyek a korábbi építési fázisokban biztosították a Székesfehérvár–Börgönd vonalszakasz bekötését az állomásba, valamint a fűtőház kezdőpont felőli kapcsolatát. Az ideiglenes kitérők elbontása után végleges nyomvonalon kiépült a Székes­fehérvár–Dinnyés bal vágány.
Elbontottuk továbbá a X. és XIII. sz. tehervonati vágányok helyén épült ideiglenes utasperonokat, a rajtuk levő ideiglenes felsővezeték-tartó oszlopokkal együtt. Így megépülhetett a X. és a XIII. sz. vágány is.
A II. torony bontása után teljesen kiépültek a III.–VIII. sz. vágányok a peronnal és a perontetővel, valamint megtörtént a tehervonati vágányok végleges bekötése a páros állomásfejbe.
Ebben a fázisban különleges forgalmi intézkedésekre volt szükség, mivel a négy vágány nem volt elégséges a teljes nyári forgalom lebonyolításához. Egyes vonatok kerülő útirányon, Székesfehérvár állomást elkerülve közlekedtek, illetve csak Gárdony állomásig közlekedtetve volt lehetséges a forgalom lebonyolítása.
Az átépítéssel növekedett a szolgáltatás színvonala, a mai igényeknek megfelelő, korszerű vasúti csomópont alakult ki. Megfelelően ütemezett karbantartással sokáig fenntartható ez a színvonal.
Az átépítés során sok résztvevőnek kellett együttműködnie (üzemeltetők, forgalmi szolgálat, hatóságok, a párhuzamosan futó projektek: GSM-R projekt, elektronikus biztosítóberendezési projekt, kormányablak projekt). A fenti szervezetekkel folytatott számos egyeztetésnek köszönhetően valósult meg jó minőségben és sikeresen az átépítés.