A fenti változások miatt háromszori szerződésmódosításra került sor a szerződéses részhatáridők kezelése érdekében.
Az építési tevékenységet a kiírási anyag mellékletét képező fázisterv 16 ütemben irányozta elő. Vállalkozói részről – kisebb átalakításokkal – ezt az ütemezést használták:

• adott fázisok felbontása bontási és építési ütemre,
• azonos vonatforgalmi intézkedést igénylő fázisok összevonása.

Az átépítés főbb ütemeit a mellékelt torzított helyszínrajzok jól érzékeltetik:

• 1. ábra: a kiindulási állapotot mutatja.
• 3. ábra: az állomás jobb oldalának építése már a vonatforgalom jelentős korlátozása mellett történt.
• Emellett a kezdő- és a végponti oldalon a geometriai szempontból helyben maradó új vágányszakaszok a hozzájuk tartozó vágánykapcsolatokkal készültek el.
• A végponti oldalon ideiglenes állomásfejet alakítottak ki az építési fázisok követhetősége érdekében. Ezt az elektronikus biztosítóberendezéshez kacsolható berendezés működtette.
• 4. ábra: az állomás újabb oldalának üzembe helyezése már az elektronikus biztosítóberendezéssel történt. A régi biztosítóberendezést megszüntették.
• 5. ábra: az új 5. vágány beüzemelésével vált lehetővé az állomás teljes bal oldalának az átépítése, valamint a műtárgyépítési munkák felgyorsítása és befejezése 2014-ben.
• 6. ábra: az utolsó építési fázissal 2015 áprilisában kialakult az állomás végleges geometriája.

A vállalkozó feladata volt minden esetben az építési fázisokhoz tartozó vasútforgalmi technológia készítése.
A tenderkiírástól jelentős eltérés volt, hogy az állomási kapacitás csökkenése miatt – már a nyílt vonali vágányzárak megkezdésének időpontjától, illetve a peronos vágányok számának csökkenésétől – először Vácrátót, majd Kisvác irányába a vasúti személyforgalom módosult, autó­buszos átszállással valósult meg. Ez az állapot több mint egy évig állt fenn.
Vácrátót irányába még a 2015. március 25. és április 26. közötti időszakban újra autóbuszos átszállásra volt szükség a kezdőpont felőli jobb oldali végleges állomásfej kiépítésének időszakára (14/B építési fázis).
Vác állomásnak jelentős az utasforgalma az előváros jelleg, a hivatásforgalom és a tanulóforgalom okán, tehát nemcsak a forgalom nagysága, hanem az intenzitás napszakon belüli változásának kezelése is nehéz feladat elé állította a kivitelezőt.
Az állomás belterületén a közlekedés és a peronok megközelítése szinte mindig az építési területen keresztül volt megoldható, ezért vált szükségessé végül az, hogy az ideiglenes utasterelést az építés alatt lévő peronaluljárókon keresztül valósítsuk meg. Ezt még az is indokolta, hogy a magasperonok elkészülte után már nem volt lehetőség az utasforgalom vágányokon keresztüli, szintbeli lebonyolítására.
Az építési terület és a közlekedési út­vonalak elválasztása sokszor nehézségbe ütközött, előfordult, hogy megoldhatatlan volt (7. ábra). Arra is volt példa, hogy a munkaterületen áthaladó utasforgalmi sávot naponta többször is kellett módosítani.

A várost a vasút két részre osztja. A gya­logos-aluljáró ideiglenes igénybevétele forgalomterelésre a két városrész közötti kapcsolatot is szolgálta, így az építési és az üzemi területen való lakossági közlekedés nagymértékben csökkent, de sajnos nem szűnt meg.