A MÁV Vezérigazgatóság 1984-ben kivált a közlekedésért felelős minisztérium szervezetéből, és a MÁV vállalati irányító szervezeteként működött tovább.
A személyszállítási és árufuvarozási teljesítmények 1970 és 1990 között – döntően a közúti közlekedési ágazat előretörése miatt – drámaian csökkentek, miközben a MÁV megtartotta csúcsteljesítményekre méretezett technikai és munkaerő-állományát, szervezeti és működési rendszerét. Ezzel egyidejűleg az állam fokozatosan kivonult a MÁV finanszírozásából. Az így kialakult „önfinanszírozó vasút” személyszállítási veszteségeinek döntő hányadát – az állam helyett – az árufuvarozás nyereségéből a MÁV-nak kellett kiegyenlítenie.
A tarthatatlan helyzet feloldására 1989-ben független külföldi tanácsadó cég végezte el a MÁV teljes körű átvilágítását. Pontosan diagnosztizálták a MÁV helyzetét, és megállapították, hogy az állam és a MÁV kapcsolatát mind jogi, mind gazdasági tekintetben oly módon kell rendezni, hogy a pályahálózat működtetésének finanszírozásáról és az állam által megrendelt – döntően személyszállítási – szolgáltatások ellenértékének megfizetéséről a felek közötti szerződésben rögzítetten az államnak kell gondoskodnia. Ezzel egyidejűleg a MÁV szervezeti és működési rendjét a piacgazdasági környezethez alkalmazkodóan kell átalakítani, meg kell teremteni a teljesítmények és kapacitások egyensúlyát, és a területi elvű gazdálkodásirányítási rendszert – a feladatok maradéktalan ellátásához szükséges felelősségi és hatáskörökkel felruházott, egymás között megrendelő-teljesítő viszonyban működő – szakágazatok, üzleti területek elvén működő struktúrának kell felváltania.
A tanácsadók megállapításait és javaslatait mind a MÁV, mind a közlekedésért felelős minisztérium elfogadta.
Az átvilágítás után, 1993. július 1-jével a MÁV egyszemélyes részvénytársasággá alakult, majd az országgyűlés 1993. október 5-én elfogadta a vasútról szóló 1993. évi XCV. törvényt, amely intézkedett a pályahálózat-működtető és a pályahálózatot igénybe vevő személyszállítási, árufuvarozási és vontatási szolgáltatást nyújtó szervezetek elkülönítéséről, a pályainfrastruktúra állami finanszírozási kötelezettségéről, valamint az Állam és a MÁV közötti szerződés megkötésének követelményéről. Az Állam és a MÁV közötti szerződés 1995 februárjában jött létre, amely – a direkt állami vasútirányítást felváltva – rögzítette a felek kötelezettségeit és jogait.
A MÁV a teljesítmények és kapacitások egyensúlyának megteremtése érdekében nagyarányú eszköz-, szervezet- és létszám-racionalizálást hajtott végre. A foglalkoztatottak létszáma 1989 és 1999 között 126 ezerről 56 ezer főre mérséklődött, a MÁV teherkocsi-állománya harmadára csökkent, és megvalósult a MÁV alaptevé­keny­ségéhez szorosan nem tartozó feladatokat ellátó szervezetek kivitele MÁV alapítású társaságokba. A MÁV Rt. működési, gazdálkodási és szervezeti rendjében 1993-ban a korábbi, területi elvű gazdálkodásirányítási rendszert üzleti területekre épülő rendszer váltotta fel.
A szakminiszter utasítására 1996. ja­nuár 1-jével a pályahálózat-működtető és a pályát igénybe vevő szervezetek törvény szerinti elkülönítésének első lépéseként a MÁV Rt. szervezetén belül megalakult a Pályavasúti Igazgatóság, majd létrejöttek a Személyszállítási, az Árufuvarozási, a Forgalmi és a Gépészeti szakigazgatóságok.
A 2373/1999. (XII. 27.) Korm.határozat 2001. január 1-jei határidővel előírta a valamennyi vasúti pályát igénybe vevő vállalkozástól független pályavasúti társaság megalapítását, és további fontos reformintézkedések megvalósítását. Idővel azonban a határozatban foglaltak végrehajtására nem került sor.
Az 1993. évi vasútról szóló törvény alapelveiben az Európai Unióhoz való csatlakozás előfutára volt, hiszen a vasutakra vonatkozó uniós előírások magyarországi alkalmazásának keretfeltételeit határozta meg.
A közösségi közlekedéspolitika alap­elvei között hangsúlyos szerepet kap a pályainfrastruktúra diszkriminációmentes igénybevételének biztosítása, a pályahasználati díjak egységes elvek szerinti meghatározása, valamint a vasúti pályák országhatárokon történő kölcsönös átjárhatósági feltételeinek kialakítása. Mindezek megvalósítását szolgálják az EU „vasúti csomag”-jaiban rögzített irányelvek, amelyeknek a magyarországi jogrendbe átültetése folyamatosan történt és történik.
A magyarországi vasutak EU-előírások szerinti működési feltételeinek kialakítását szolgálóan, a MÁV pályavasúti vezérigazgató-helyettesének közvetlen irányítása alatt, 2001. október 15-ével létrejött az Infrastruktúra-használati Díjmeghatározó és Kapacitáselosztó Főosztály (IDKF). Mivel a történelmileg működő GYSEV mellett ebben az időszakban számos további magánvasút alakult, a MÁV szervezeti keretei között már nem volt biztosított a magyarországi vasúti pályakapacitások megkülönböztetésmentes elosztása, ezért 2004. február 1-jével az IDKF megszűnt, feladatait a 2097/2004. (IV. 27.) Kormány­határozat alapján a – magyar állam tulajdonában, a közlekedésért felelős miniszter felügyelete alatt működő – Vasúti Pályakapacitás-elosztó Kft. vette át.
A MÁV-üzletágak önálló működtetésének első látványos lépésére 2006 januárjában került sor, amikor a MÁV Árufuvarozási Üzletágából létrejött a MÁV Cargo Zrt. Ezt 2007-ben a személyszállítási tevékenységet ellátó MÁV-Start Zrt. alapítása követte, majd a vasúti járművekkel kapcsolatos szolgáltatásokat nyújtó üzletágból 2008-ban létrejött a MÁV-Trakció Zrt. és a MÁV Gépészet Zrt.
A MÁV Cargo Zrt.-t 2008-ban a Rail Cargo Austria pályázati úton megvásárol­ta. A MÁV-Trakció Zrt. és a MÁV Gépészet Zrt. 2014. január 1-jén beolvadt a MÁV-Start Zrt.-be, amely ezáltal teljeskörűen rendelkezik a személyszállítási feladatok ellátásához szükséges eszközrendszerrel.
A jelenlegi Magyar Államvasutak MÁV- csoportként konszernszerű szervezeti és működési rendben látja el feladatait. A MÁV-csoport tagjai a MÁV Zrt., amely 7273 km (kétvágányú 1207 km, villamosított 2633 km) vasúti pálya törvényi előírásoknak megfelelő működtetéséért felelős, és a MÁV-csoport irányításának feladatait is ellátja, a MÁV-Start Zrt., a MÁV Szolgáltató Központ Zrt. (fő működési területei: a Gazdasági Üzletág, a Humán Üzletág, a Beszerzési Üzletág, az Anyagellátási Üzletág, az IT Üzletág, valamint a Menedzsment támogató és ügyviteli szolgáltatások Üzletág), a MÁV-HÉV Zrt., a Záhony-Port Zrt., a MÁV KFV Kft., a MÁV Vagon Kft., valamint többségi tulajdonú leányvállalatok.
A magyarországi vasutakkal kapcsolatos feladatok EU-konform ellátásának jogi alapjait a vasúti közlekedésről szóló 2005. évi CLXXXIII. törvény és az ahhoz kapcsolódó miniszteri rendeletek biztosítják.
Áttekintve a Magyar Államvasutak eredményekben és megpróbáltatásokban egyaránt gazdag másfél évszázados történetének jelentősebb eseményeit, bízvást remélhetjük, hogy az elmúlt időkhöz hasonlóan a MÁV-csoport – mind a jelenben, mind a jövőben, a belföldi közlekedési munkamegosztás versenyhelyzetében csakúgy, mint a nemzetközi kapcsolatrendszerben – helytállóan működve fogja szolgálni a magyar gazdaságot, a fuvaroztatókat és az utazni vágyókat.
A 150. születésnap alkalmából ezúton kívánunk a MÁV-csoport valamennyi munkatársának és felelős vezetőjének szakmai sikerekben bővelkedő további éveket, évtizedeket.