Utoljára 1990. május 14-én gördült ki tehervonat a berekbe – vizet szállított a szarvasmarháknak. Ezzel sajnálatos módon a teherforgalom megszűnt.
1992-ben megalakult a MÁV GV Főnökség, melynek létszáma 32 fő volt. Ettől kezdve ide tartoztak a korábban a nagykanizsai Vontatási Főnökséghez tartozó mozdonyvezetők, műhelyi dolgozók és Balatonfenyves forgalmi dolgozói. Megtörtént az állami gazdaság privatizációja, 42 év után működése megszűnt, majd 99 évre bérbe adták egy német vállalkozónak. Ma Hubertus Agráripari Bt. néven folytatja működését.
A privatizációs elképzelések a GV-t is utolérték. 1993-ban egy tervezetet készítettek a kisvasút más szervezeti formában történő üzemeltetéséről.
1994-ben megkezdték a használaton kívüli lakó- és istállóépületek bontását Imre majorban, Rigóházán és Fehér pusztán.
1997 júniusában Sipos István, a MÁV akkori vezérigazgatója látogatott el a GV-re, majd novemberben a Forgalmi Szakigazgatóság felügyelete alá helyezték a Nagybereki Gazdasági Vasutat.
2002. szeptember 2-ától üzemszünetet vezettek be a Központi főmajor–Csiszta gyógyfürdő és a Táskai elágazás–Táska közötti szakaszon. Szeptember 30-án megkezdődött a pálya átépítése, ezért szeptember 30. és november 23. között vonatpótló autóbuszok szállították az utasokat. 2003-ban folytatódott az átépítés, időszakos vonatpótló autóbuszok közlekedtetésével.
A somogyszentpáli vonalon 5,2 km, a csisztai vonalon 1,23 km vágányt építettek át 34,5 kg/fm tömegű, „c” rendszerű sínekkel. A vonatforgalom 2003. szeptember 20-án indult meg újra.
A pálya átépítését követően 2004-ben Somogyszentpál Önkormányzata új esőbeállót állíttatott fel a végállomáson (7. ábra), 2006-ban pedig a Balatonfenyvesi Önkormányzat készíttetett esőbeállót Imre majorban, a Központi főmajor állomás területén.
2007. augusztus 2-án a Magyar Vasúti Hivatal kiadta a 96/2007. számú térségi vasúti pályahasználati engedélyt a Balatonfenyves Gazdasági Vasút részére, amelyben egyebek között az alábbiak olvashatók:
„Pályahálózat:39. sz. Balatonfenyves GV–Csiszta Gyógyfürdő vasútvonal: 12 km hosszú, 760 mm nyomtávú, egyvágányú, nem villamosított 39a sz. Táskai elágazás–Táska vasútvonal: 5,6 km hosszú, 760 mm nyomtávú, egyvágányú, nem villamosított 39b sz. Központi főmajor kiz.–Somogyszentpál vasútvonal: 10,6 km hosszú, 760 mm nyomtávú, egyvágányú, nem villamosított.”
2009-ben új jelzési és forgalmi utasítást léptettek életbe, Utasítás a Balatonfenyves Gazdasági Vasút részére címmel.
Ugyanebben az évben megszűnt Pálmajor településrész.
Az állami gazdaság megalakulása után nem sokkal úgynevezett szívócsatornákat alakítottak ki, melyek az általuk közrefogott területekről a gyűjtőcsatornába vezették a vizet. Az összegyűjtött vizet a balatonfenyvesi szivattyútelep gépei emelték át a Balatonba. Időnként külvizek is kerülhettek a Nagyberekbe, melyek növelték az átemelendő vizek mennyiségét, és gátszakadást okoztak (8. ábra).

Sajnos a balesetek a kisvasutat sem kerülték el. 1959-ben a Balatonfenyvesről Központi főmajorba tartó tehervonat és a Csisztáról Balatonfenyvesre közlekedő személyvonat a Központi főmajor előtt összeütközött, a baleset következtében a kocsik erősen megrongálódtak, egy utas súlyosan megsérült. Hasonló sajnálatos esemény történt 2001. május 3-án, amikor a Balatonfenyvesről Csiszta Gyógyfürdőre tartó vonat, elhagyva a Központi főmajort, pályahiba miatt kisiklott. Az alacsony sebesség miatt személyi sérülés szerencsére nem történt (9. ábra).
Figyelemre méltó események is történtek a berekben, melyek nagyszámú érdeklődőt vonzottak.
A balatonfenyvesi kisvasúton különvonatok közlekedtek, melyeket legtöbbször vadászatokhoz vettek igénybe (10. ábra), de kiszolgálták a kiránduló csoportokat is. 1985-ben a berekben tartott vadászatok színvonalas lebonyolításához vadászkocsik készültek más kocsik átalakításával. Szintén ebben az évben újra gőzmozdony érkezett a kisvasútra. A vadászkocsikat és a gőzmozdonyt 1986-ban adták át ünnepélyes keretek között.

1989-ben itt rendezték meg a kettes fogathajtó világbajnokságot. Korszerű stadiont építettek – a csapatversenyt Magyarország nyerte.
1990 nyarán tartották meg először a később közkedveltté vált „Pince-party”-t.
A résztvevők a kisvasúttal jutottak el Táskára, ahonnan lovas kocsikkal folytatták útjukat a borospincékhez.
A mai napig közkedvelt rendezvény a kisvasút életében a Kisvasút Nap, amelyet 1995. szeptember 30-án rendeztek meg először. 2000-ben a VI. Kisvasút Nap keretében ünnepelték a GV 50. születésnapját, és ugyanebben az évben lett 50 éves a 490,056-os gőzmozdony is (11. ábra), mely 1985-ben került Balatonfenyvesre.
A nagyszámú érdeklődőt tartalmas program várta. Hazánkban először rendeztek nemzetközi hajtánytalálkozót német és szlovák résztvevőkkel (12. ábra).

1996-ban, a nyári közlekedési idényre érkezett a Közlekedési Múzeum gőzmozdonya, amelyik egyébként a GYSEV Zrt. Széchenyi Múzeumvasútján üzemelt (13. ábra).

2009. május 11-én Sólyom László köztársasági elnök tett rövid látogatást a kisvasúton.
Szintén nívós rendezvényen ünnepelték 2010-ben a XIII. Kisvasút Napot, valamint ebben az évben lett 60 éves a balatonfenyvesi kisvasút. A Balatonfenyvesi és Somogyszentpáli Önkormányzat mellett a Balaton-Boronka Kisvasút Nonprofit Kft. is részt vállalt az ünnepség megszervezésében. E rangos esemény tiszteletére jelent meg Balogh Imre: Emlékkönyv – 60 éves a balatonfenyvesi gazdasági vasút című könyve.
Jelenleg 13 km hosszú vonalszakasz üzemel Balatonfenyves és Somogyszentpál között. Az állomáson, rendező pályaudvaron a felépítmény elöregedett, a salakágyazat porlik. A nyíltvonalon a 0+00–23+00 közötti vonalszakaszon hasonló állapotok vannak, mivel ezt a részt nem építették át. A 23+00–130+00 szelvények között a vonalszakaszt 2002–2003-ban átépítették. A vonalon a nyomtávolság 760 mm, a sínrendszer az át nem épített részen 23,6 kg/fm „i” rendszerű; az átépített részen 34,5 kg/fm „c” rendszerű. Az aljak 1,20–1,50 m hosszú tölgy és akác faaljak, a 30 cm vastagságú ágyazat salak és dolomit (az átépített részen), a vonalon 22 db ív található, 20 db útátjáró, általában zúzottkő és aszfaltburkolattal, továbbá 19 db műtárgy. A műtárgyak között van csőáteresz, nyíltáteresz és vasbeton teknőhíd, amelyek közül a legnagyobbak a 12+66 hm szelvényben levő 8,65 m nyílású teknőhíd (14. ábra), valamint a 96+13 hm szelvényben levő háromnyílású teknőhíd (15. ábra). A híd nyílásai: 6,00+10,00+6,00 m. Sajnos ezt a hidat nem csak rendeltetésének megfelelően használják, gépjárművek is átmennek rajta (16. ábra).

                                                                                                                                                          
A vonal kiépítési sebessége 25 km/h, de az állomás területén, valamint a 8+00–23+00 szelvények között 15 km/h, 3+00–8+00 szelvények között 5 km/h.
A GV-nek a mai napig egyedi a díjszabása, menetjegyei és forgalmi utasítása. A forgalom lebonyolítása napjainkban a MÁV által használt legkisebb teljesítményű mozdonyokkal történik.
Bízunk benne, hogy – a több megszüntetést célzó terv ellenére – a kisvasút még sokáig üzemel a turisták, vasútbarátok és a helyiek örömére.

Irodalom
Balogh Imre: Emlékkönyv – 60 éves a balatonfenyvesi gazdasági vasút. (Kézirat, MÁV Zrt. tervtár).