A nyolcvanas évek első felében Eperjeske átrakó pályaudvaron fedett ömlesztettáru-átrakó épült és új konténerdaru létesült, majd 1981–85 között Záhonyban elkészült az új tengelyátszerelő csarnok és tároló pályaudvar.
Ezt követően már fejlesztés nem történt, inkább korszerűsítésekre került sor. A használaton kívüli csarnokokból közvámraktárakat alakítottak ki.
Az 1990-es évek második felére országosan a töredékére csökkent a teher­szál­lítás (10. ábra) – az átrakó is a korábbi teljesítmény 15-20%-án „mű­kö­dött”. 2000-ben megkezdődött a fé­nyes­litkei Északi rendező pályaudvar bontása.
A kormány 2007-ben különleges gazdasági övezetté minősítette a záhonyi körzetet.

Ennek köszönhetően 2009 és 2011 kö­zött két ütemben megtörtént a széles nyomtávú gerinc vágányhálózat teljes átépítése.
Vágányhálózat jelenleg: normál vágány 336 vkm és 482 csoport kitérő (benne nyílt vonal+átmenő fővágány 22,439 vkm), széles vágány 161 vkm és 351 csoport kitérő (benne nyílt vonal+átmenő fővágány 36,500 vkm).
A területen 85 km hosszú üzemi és tűzoltó úthálózat tartozik a Pft.-hez, emellett 117 csoport, különböző burkolatú, de rendre nagy terhelésű útátjáró, melyek közül nem egy 6–15 vágányt is keresztez.
A pályafelügyeletet most négy Pft. szakasz látja el, Eperjeske rendező, Fényeslitke, Mátészalka és Záhony székhellyel.
A fenntartási és a felügyeleti munkát három, széles nyomtávú, állandó jármű segíti: a Pft. állagában lévő TRACK-MAS típusú darus vontatójármű, valamint az FKG Kft. tulajdonában lévő TVG és 661 pályaszámú KIAGs, mely egyben vágánymérésre is alkalmas. 

Tengelyátszerelés

A Záhonyi Átrakókörzet sajátos tevékenysége az átrakás nélküli áruforgalom, amelyet a széles-normál nyomtáv változása miatt forgóvázcserével tesznek lehetővé. Ez a folyamat egy teljesen árukímélő, gyors, ugyanakkor sokrétű feladat az itt dolgozóknak. Ennek hiányában az átrakás nélküli árutovábbításhoz ragaszkodó megbízók Szlovákián és Lengyelországon át léptetnék be az egyre növekvő árumennyiséget Ukrajna irányából.
A tengelyátszerelő 1978-ban épült, 2 db orsós emelővel és 1 db VDS daruval, egy kis csarnokban. 1984-ben építették meg a ma is üzemelő tengelyátszerelőt (11. ábra), ahol decemberben indult meg a próbaüzem, de akkor még a régi telephely is működött.

Az átszerelés felfutása 1990-ig tartott, amikor elérte az évi 35 000 kocsit – a napi csúcs (24 óra alatt) 126 kocsi volt.
Elkészült a csarnokon kívül egy veszélyesanyag-átszerelő rész is 1-1 kocsi átszerelésére, amely gázérzékelőkkel és a kiömlő anyagok összegyűjtésére betontálcákkal és föld alatti tározóval is rendelkezik.
A teljesítmény fokozatos csökkenése 2006-tól figyelhető meg, de 2015-től ismét növekedésnek indult, jelenleg napi 24-26 kocsi átszerelését tudja elvégezni az átszervezések következtében leépített, 25 fős egység, A-B műszakban.

Jelentősebb felújítások, beruházások

Az 1970-es árvíz után az összes Pft. főnökség – ki létszámmal, ki anyaggal, ki eszközzel – segített a mátészalkai főnökségnek a zajtai vonal helyreállításában, ahol nemcsak a vágányt, hanem az alépítményt is elmosta a víz. Az újjáépítés i sínnel történt, mert a forgalom beindítása volt a fő szempont. A következő évben megtervezték és meg is valósították a zajtai és a csengeri vonal átépítését egyszerűsített korszerűsítéssel, 48 r. használt anyagból, kézi kisgépes és bakdarus módszerrel, mikor mi adódott. A munka 1972–80 között készült el. A „rendszer” hálája nem maradt el, hiszen évekig ment a huzavona, hogy fegyelmit vagy dicséretet kapjanak az „elkövetők” [19]. Az 1970–80-as évektől a főnökségek egyrészt az elavult i és/vagy C sínes pályaszakaszok átépítését, valamint a forgalmasabb vonalszakaszokon a hézagnélküli pályák kialakítását igyekeztek részben új, részben használt fővonali anyagok felhasználásával megoldani. Ennek indoka egyfelől az egyre inkább gépesített fenntartás lehetővé tétele, másfelől az akkor még növekvő teherszállítási igény volt.

Felújítások a 100c vonalon

A Szerencs–Nyíregyháza vasútvonal az ország legforgalmasabb egyvágányú nemzetközi fővonala.
A 2006-os menetrendváltáskor új szolgáltatásként, összekötve a két járatot, megindult a kör-IC, melynél a legnagyobb feladat a menetidő betartása, a pályaállapot fenntartása, sőt javítása. A teljes hosszon az egyik szűk keresztmetszet ez az egyvágányú szakasz.
A pályaállapot szükségessé tette a megelőző beavatkozásokat. Júniustól novem­berig megtörtént közel 31 000 csavar utánhúzása, bekerült a pályába 13 000 SKL–3 és 4000 geócsavar és 6200 hármas gyűrű. FKG szabályozás 9,3 vkm-en volt, GO–4S ágyazatcsere 12 helyen, összesen 247 m hosszon, ez utóbbi munkákhoz 3500 t zúzott követ használtak fel.
Tekintettel arra, hogy a korábbi beavatkozás csak tűzoltás volt, a következő három évben lassújelek sokaságát kellett ismét bevezetni. A vonalszakasz közel 30%-án volt ideiglenes sebességkorlátozás. 2011-ben az ún. 900 M Ft-os célzott beavatkozás mellett további munkákat sikerült elvégezni, összesen több mint 1,3 Mrd Ft értékben. Ennek során a teljes vonal és minden kitérő gépi szabályozása megtörtént. Ágyazatrostálás 3600 vfm; átépült két útátjáró; 100 vfm hosszon teljes felépítménycsere; közel 76 000 furatjavítás; 4000 vasbeton alj cseréje; 5164 sfm síncsere, 18 db kitérőalkatrész-csere; 350 AT hegesztés és 5 hídfőben ágyazatragasztás. Ezeknek a beavatkozásoknak köszönhetően a Tokaj–Rakamaz állomásközben lévő, 3,2 km hosszú, állandó 80 km/h korlátozott sebességen kívül a vonalon minden lassújel megszűnt.
Az egyre növekvő teherszállítás felgyorsította a pályaromlást – 2013-ban már zavarok keletkeztek az IC közlekedésben. Már 2014-ben elkezdődött a minden részletre kiterjedő előkészítés, ami aztán 2015 februárjában vett újabb lendületet további elvégzendő munkák pályás és más szakszolgálat feladataként. A július 20-a és augusztus 31-e közötti vágányzárban az alábbi munkák készültek el:
– 11,1 vkm rostálás, benne 1045 vasbeton alj cseréje;
– Rakamaz mindkét végén, az átmenő vágányban, a kitérők alatt ágyazatcsere;
– három útátjárócsere 66 vfm teljes felépítménycserével;
– Tokaj állomás III., átmenő vágányában a peron mellett, 470 vfm hosszon teljes alépítmény- és ágyazatcsere;
– 44 vkm FKG-s és 55 csoport KIAG-os szabályozás;
– 7008 sínfm síncsere;
– 1100 db hídfacsere, 1 pillérjavítással és 11 pár Csilléry dilatációs szerkezet cseréjével;
– az állomásokon 6 db és két megállóhelyi peron aszfaltozása;
– 36,6 sínkm megelőző síncsiszolás.
A felsorolt munkák összértéke meghaladta a 2 Mrd Ft-ot.