Az átépítés előtt nagyobb felújításra több mint 60 éve, utoljára 1954-ben került sor. Az elmúlt időszakban, az átépítés kezdetéig, a pénzügyi lehetőségek miatt jelentősebb felújítás nem történt (1. kép).

Ennek következtében a vágányhálózat és az egyéb létesítmények erősen elhasz­nálódtak. A pályaállapotok miatt 10, 20, 40 km/h sebességkorlátozást kellett bevezetni az állomás vágányain.
A kedvezőtlen műszaki állapotokat már csak teljes átépítéssel lehetett megszüntetni. A régóta tervezett átépítés végül 2014 áprilisában kezdődhetett, s 2016 végére fejeződött be.
A megrendelő NIF Zrt. által meghirdetett közbeszerzési pályázaton nyertes kivitelező az SDD Konzorcium volt. A konzorcium vezető tagja a Dömper Kft., tagjai a Subterra a. s. és a Pannon-Dop­ras­tav Kft. voltak.
A munkák kivitelezésénél a mérnöki teendőket a Székesfehérvár Mérnök Szervezet látta el, melynek tagjai: ECO-TEC Műszaki-Gazdasági Tanácsadó Kft., Transinvest-Budapest Kft., C-Terv Kft. és Főber Zrt., vagyis a beruházásban érintett valamennyi szakágnak megfelelő mérnöki képviselete volt.
A tenderkiírás szerint az alábbi munkákat kellett elvégezni.

Vasúti pálya

Székesfehérvár állomáson 20 356 m vágány, 87 csoport kitérő és 2 csoport ideiglenes kitérő épült át, illetve épült be.

• Vágányok és kitérők építése. Az átépítés az I.–XV. sz. vágányokat, valamint egyes üzemi és gépészeti vágányokat érintette kitérőkkel, nyíltvonali csatlakozásokkal, az alépítmény megerősítésével együtt.

A III.–VI. sz. vágányok, a nyíltvonali vágányok (kivéve a komáromi, börgöndi) 60 E1 rendszerű sínekkel, LW vasbeton aljakkal, 60 cm aljtávolsággal, 57 cm (min. 35 cm hatékony) ágyazatvastagsággal, hézagnélküli kivitelben épültek meg.
Az I.–II. sz. és a VII.–XV. sz. vágányok, valamint az üzemi és gépészeti vágányok 54 rendszerű sínekkel, alátétlemez nélküli LMS vasbeton aljakkal, 70 cm aljtávolsággal, 44 cm (25 cm hatékony) ágyazatvastagsággal, jellemzően hézagnélküli kivitelben épültek meg. A ki­térők 54 és 60 rendszerű, vasbeton aljas kitérők voltak, 5 csoport kivételével, melyek hagyományos faaljjal épültek (2. kép). Valamennyi kitérő vályúaljas kivitelben készült. A 13. és 32. sz. 60 XIV rendszerű átszelési kitérők vasbeton aljait kísérletileg „aljpapucsolással” látták el a zaj- és rezgéscsökkentés érdekében.

A vágányok és a kitérők átépítésével pár­huzamosan az alépítmény víztelenítését is meg kellett oldani szivárgók építésével (3. kép). A szivárgók vizét három helyen megépült csapadékcsatorna vezeti el olaj- és iszapfogó műtárgyakon keresztül a meglévő befogadóba.
Az állomás átépítése során négy utas­peron létesült. Az I. sz. vágány mellett épült utasperon (A peron) sk +30 cm magas, mivel a felvételi épület padlószintje kötött magasságként nem tette lehetővé az sk +55 cm-es peronmagassá­got.

A vágányok közötti utasperonok (B, C, D) sk +55 cm magasak. Valamennyi peronon térkő burkolat létesült. A személypályaudvari rész átépítésének idejére, mivel ekkor is fenn kellett tartani a nagy utasforgalmat, a teherpályaudvar két vágánya helyére ideiglenes utasperonok épültek sk +30 cm magassággal. A munkaterületen történő biztonságos utasátvezetéshez védőtetővel és oldalfallal ellátott gyalogút épült ki (4. kép), amely keresztirányban teljes mértékben kettévágta a munkaterületet. Az átjáróba beépített kiemelhető elemekkel lehetett keresztirányba átközlekedni a munkagépekkel, kizárólag éjszakai üzemszüneti időszakban. A védőtetőre azért is szükség volt, mert a gyalogos útvonalat közvetlenül az épülő gyalogos-felüljáró mellett  vezették el.
Székesfehérvár állomás átépítése előtt, Szabadbattyán állomáson egyes kitérők­ben az elhasználódott főalkatrészek (félváltó, keresztezési középrész) és váltófák szórványos cseréjét kellett elvégezni.

• Kábelalépítmény.  Az új elektronikus­biz­to­­sí­tóberendezéshez, utas­ tá ­jé­koz­ta­tás­­hoz, tér­világításhoz szükséges ká­bel­­al­­épít mé­nyek építése, megszakító létesítmé nyekkel egy­ütt, a pályaépítéssel párhuzamosan történt. A 2–88 csöves alépítmény teljes hossza 11 354 m, és 527 db megszakító létesítmény (ká­bel­ak­na, elosztószekrény) épült meg.
• A lakóépületek zajvédelme érdekében a pályaudvar több szakaszán épült zajvédő fal. Passzív zajvédelemként egyes lakóépületeknél nyílászárók cseréjére került sor.

Műtárgyak

Az állomás átépítése több műtárgy megszüntetését, felújítását és létesítését is szükségessé tette.

• A börgöndi és egyes üzemi vágányok alatti, funkciójukat vesztett teknőhidak bontása.
• Üzemi (gépészeti) gyalogos-felüljáró bontása (5. kép).
• A meglévő két utasaluljáró, szélességi méretei miatt, már nem felelt meg a mai kor követelményeinek. Ezért a kezdőpont felőli régi aluljárót (6. kép) el kellett bontani, helyére az utasáramlást jól biztosító, 8,40 m széles aluljáró épült (7. kép).

A végpont felőli gyalogos-aluljáró funkciója megváltozott, kábelalagúttá alakították át.

• Az Aszalvölgyi árok műtárgy felújítása, boltozati rész megerősítésével, újbóli szigetelésével, az alatta lévő szennyvízcsatorna bélelésével (8., 9. kép).

• A Széchenyi úti műtárgy felújítása, pillérek megerősítésével, felszerkezet szélesítésével, új szigetelés kialakításával (10., 11. kép).
• A Hosszúsétatéri gyalogos-aluljáró felújítása falfelületek javításával, ernyőszigetelés beépítésével.
• Intermodális csomópont (IMCS) gyalogos-felüljáró I. ütemének építése a peronokhoz vezető lépcsőkkel együtt (12. kép).

Villamos felsővezeték és erősáramú berendezések

• Az átépült vágányok és kitérők felett a régi felsővezetéki hosszláncokat és iránysodronyokat új felsővezetéki hosszláncokra, iránysodronyokra kellett cserélni. Az átépített részen a felsővezeték-tartó oszlopok 85%-át új oszlopokra kellett cserélni a vágányok és a vágánykapcsolatok megváltozott helyigénye miatt.Új FET és HETA berendezések telepítése. Oszloptranszformátorok telepítése a biztosítóberendezés alátámasztásához és a váltófűtés energiaellátásához.
• Az ideiglenes utasperonokon a meglévő felsővezeték-tartó oszlopok bontása, új ideiglenes felsővezeték-tartó oszlopok felállítása a peronok középvonalára.
• Térvilágítási tornyok cseréje a megváltozott vágányhelyzet és nem megfelelőség miatt (13 db).
• Az állomás villamosenergia-ellátásához a korábbi, nem elégséges teljesítményű transzformátorok cseréje nagyobb teljesítményűre.
• Az állomáson 61 csoport kitérőre épült ki villamos váltófűtés.

Biztosítóberendezés

• A pályaépítési fázisokhoz igazodva a meg­lévő biztosítóberendezéssel kellett a változásoknak megfelelő forgalmi feltételeket kielégíteni. A folyamatosan változó forgalmi szituációk biztosítóberendezéssel történő követése igen bonyolult feladat volt, mivel az állomás páros végén Integra berendezés, a páratlan végén VES berendezés működött. Az új ideiglenes vágányutak biztosítóberendezési kialakítása során illeszteni kellett egymáshoz a két egymástól eltérő berendezést is.

Magasépítmények

• A már funkciójukat vesztett és/vagy az új vágánygeometria kialakítását akadályozó raktárépületeket, váltóállító tornyot (III. torony) forgalomirányító tornyot (II. torony) el kellett bontani (13., 14. kép).

• A felvételi épület átalakítása során munkaterületté vált az utascsarnok, így az ott lévő pénztárakat és egyéb szolgálati helyeket konténerekbe kellett költöztetni. A pénztárkonténereket a felvételi épület város felőli oldalán, a Béke téren lehetett elhelyezni.
• A külsős forgalmi iroda és a kocsivizsgálók konténerét az első fázisokban átépített tehervonati vágányok között, a XIII. sz. vágány helyén lehetett elhelyezni. Külön gondot jelentett a konténerek közművekkel való ellátása.
• Az utascsarnokban két liftet kellett beépíteni, és ennek következtében át kellett alakítani az utasaluljáró lépcsőjének csatlakozását.
• A felvételi épület egyes üzemi területe alaprajzilag is módosult. Az átépítéssel érintett területek új burkolatot, festést kaptak. Az erős- és gyengeáramú (tűzjelzés, beléptető rendszer, utastájékoztatás, informatikai hálózat) rendszerek is átépültek.
• A felvételi épület homlokzati nyílászárói­nak cseréje vagy felújítása a tenderkiírás szerint történt. Mivel az épület műemlék, a homlokzat új festést kapott az Örökségvédelmi Hivatallal egyeztetett módon.
• A felvételi épület utascsarnokán a régi bejárati ajtók helyett új, fotocellás ajtókat építettek be.

Tervezés

A nyertes vállalkozó SDD Konzorcium kiviteli terv szintű tenderterveket kapott a megrendelőtől.
A tendertervek alapján készültek a ki­viteli tervek. A tervezést a Főmterv Zrt. végezte. Minden építési fázisra külön-külön tervrészlet készült, mivel a tervezés párhuzamosan történt a kivitelezéssel.
A viszonylagos helyszűke miatt, a mindenhonnan mindenhova elvet követve, a vágánykapcsolatokat több helyen csak átszelési kitérőkkel lehetett kialakítani. Ezért és az állomási ívek kialakíthatósága miatt az V. és VI. sz. átmenő fővágányokon a tervezési sebesség 100 km/h.
Az állomás kezdőpont felőli végén, az V. sz. vágányból B 60-800 r. kitérővel ágazik ki a IV. sz. vágány. Ennek a vágánynak a folytatása a veszprémi (20. sz.) vonal.
Az állomás végponti végén, a C és D vágányok között, valamint a D és E vágányok között épült be B 60-800 r. kitérőkkel nagy sugarú vágánykapcsolat. Ezeken a vágánykapcsolatokon a veszprémi vonatok 80 km/h sebességgel közlekedhetnek. Így lehetőség van arra, hogy a IV.–VI. sz. vágányokról, vágányokra, és tovább Buda­pest felé, az állomáson megállás nélkül áthaladó vonatok 80 km/h sebességgel közlekedhessenek.
Az állomás végponti végén jelenleg nem épült be az 1. sz. és a 11. sz. kitérő. Ezek a kitérők távlati kitérők, melyek akkor épülnek be, amikor a veszprémi vonalat kétvágányúvá fejlesztik. A távlati veszprémi jobb vágány a B vágány folytatásában épül ki, ami most csonka vágányként épült meg.
A többi vonatfogadó fővágány (I.–III. és a VII.–XV. sz. vágányok), valamint az állomási egyéb vágányok tervezési sebessége 40 km/h.
A gépészeti vágányok tervezési sebessége 20 km/h.
Az állomás hossz-szelvényén kismértékű változtatásra volt szükség, mert a Széchenyi úti vasúti felüljáró műtárgyán az ágyazatvastagság nem érte el a szabványos értéket. Ezért az itteni térségben 29 cm maximális pályaszintemelésre volt szükség.
A fázisonkénti építés során csatlakozni kellett az új építésnek a még át nem épített résszel. Ezek az eltérések rendszerint a kitérők közvetlen közelében voltak, így csak ideiglenes hossz-szelvényekkel lehetett kialakítani a hossz-szelvényt, ami komoly tervezési nehézséget okozott.

Kivitelezés

A tenderdokumentáció 61 építési fázist határozott meg. A kivitelezés során az építési fázisokat a vonatforgalmi lehetőségeknek megfelelően összevonták, így 9 építési főfázis alakult ki. A főfázisokon belül alfázisokat határoztak meg a bontási és építési munkák elvégzésére.
Alépítmény:
A talajmechanikai szakvélemény szerint az átépítéssel érintett területen az altalaj teherbírása kedvezőtlen. Ezért a tervezett pályasebességeket figyelembe véve az alábbi rétegrendek beépítésére volt szükség.
A 662+00–675+19 szelvények között az alépítmény-koronára:
A v < 40 km/h sebességű vágányoknál geotextília, georács, 30 cm vastag SZK jelű védőréteg. Itt a védőréteg tetején minimum 40 MPa teherbírást el kellett érni (15. kép).

A v = 40–80 km/h sebességű vágányoknál geotextília, georács, 20 cm vastag SZK és 20 cm vastag SZK1 jelű anyagot kellett beépíteni. A védőréteg tetején minimum 70 MPa teherbírást el kellett érni.
A v >81 km/h sebességű vágányoknál geotextília, georács, 30 cm vastag SZK és 20 cm vastag SZK1 jelű anyagot kellett beépíteni. A védőréteg tetején minimum 90 MPa teherbírást el kellett érni.
A 675+19–682+00 szelvények közötti részen az alépítményi rétegrend a fentiektől annyiban különbözik, hogy az SZK1 jelű anyag helyett is SZK anyagot kellett beépíteni. Ezt az indokolta, hogy ezen a részen az altalaj salak, melyben a felületi vizek el­szivárognak. Mivel az SZK1 jelű anyag vízzárónak mondható, így ennek beépítése nem volt lehetséges, mert megakadályozta volna a felületi vizek elszivárgását.
Ahhoz, hogy a fenti teherbírási értékek elérhetőek legyenek, az altalaj teherbírásának minimálisan a 12,7 MPa-t el kellett érnie. Az átépítéssel érintett terület 80%-án a teherbírás nem érte el ezt az értéket. Ezért a védőréteg alatt talajcserére volt szükség. A talajcserét 40 cm vastagságban kellett elvégezni. A talajcsere anyagát nagyrészt a bontott zúzottkő ágyazat mobil rostán történő átrostálásával (0/32 és 32/50 szemnagysággal) állítottuk elő. Talajcseré­nél alulra 20 cm vastagságban a 32/50 szemnagyságú, erre 20 cm vastagságban a 0/32 szemnagyságú anyag épült be.
A műszaki textíliának 5 m-enként 20 cm széles alumíniumfóliával ellátottnak kellett lennie, a későbbi geo­radaros vizsgálat elvégezhetősége érdekében.
Az állomás átépített részén teljesen új szivárgóhálózat létesült.
Külön nehézséget okozott, hogy az építés ideje alatt az átlagosnál csapadékosabb időjárás volt, ami nagymértékben akadályozta a földmunkák végzését. 2014 őszén, a várhatónál csapadékosabb időjárás beálltakor, több mint 20 000 m² földműtükör volt kinyitva az ütemezéssel összhangban.

Vágányok és kitérők építése

1. fázis
Az Aszalvölgyi árok műtárgyának I. ütemben történő felújítására került sor. A műtárgy felújításához ideiglenesen a műtárgy felett lévő kitérőket és vágányrészeket el kellett bontani. A műtárgy felújítása után a kibontott vágányrészek és kitérők kisebb módosítással visszaépültek, mivel a XV. sz. vágány vonatfogadó fővágánnyá épült át. A kitérők visszaépítése előtt szórványos váltófacseréket is el kellett végezni. Ebben a fázisban kellett elbontani a már feleslegessé vált gurítódombot, a szögtámfalaival együtt (16. kép). Helyére síktolatásra alkalmas felhúzó-, kihúzó- és bejáróvágányok épültek.

2. fázis
Ebben a fázisban épültek át a IX. sz. vá­gány és a tehervonati vágányok (X.–XV. sz. vágányok), a vágánykapcsolatokkal együtt (17. kép). A fázisban átépültek még a XXX. és XXXI. sz. vágányok, valamint a gázolajfeladóhoz vezető vágányok.

A X. és a XIII. sz. vágányoknál ebben a fázisban csak az alépítmény kialakítására, szivárgó építésére és az alsó ágyazat beépítésére került sor, mivel a vágányok helyére épültek az ideiglenes sk +30 cm magas utasperonok. Az alsó ágyazat tisztaságának védelmére műszaki textíliát terítettek le az alsó ágyazatra, és erre került a peronok feltöltő anyaga.
Ebben a fázisban folytatódott az Aszal­­völ­gyi árok műtárgyának felújítása (II. ütem), és elkezdődött a Széchenyi úti, valamint a Hosszúsétatéri műtárgyak felújítása.

3. fázis
A fűtőházi vágányokból a darutároló és mozdonykijáró vágányok épültek át.
4., 5. és 6. fázis
Ezekben a fázisokban került sor a sze­mély­pályaudvari rész átépítésére (18. kép), és ezekben a fázisokban épült az új utasaluljáró monolit szerkezetként (19., 20. kép).

Részlegesen épültek át a páros és páratlan állomásfejek. Az állomás végponti felében épültek az állomási vágányok, a középső részen pedig épült az utasaluljáró.
Az 5. fázisban a személypályaudvari ré­szen kívül épültek át, illetve meg a fűtőházi vágányok a végleges vágánykapcsolatokkal együtt.
A 6. fázis végére szerkezetkészen elkészült az új gyalogos-aluljáró.

7. fázis
Ebben a fázisban a végponti állomásfej épült át véglegesen. Ebben a fázisban a szabadbattyáni bal vágányt ideiglenesen, ellenívek kialakításával átkötöttük a felhúzóvágányba. A szabadbattyáni jobb vágányt, a szombathelyi és a komáromi vonalakat kizártuk a forgalomból. Így volt lehetséges elkezdeni a Hosszúsétatéri műtárgy középső részének felújítását.
A két hónapos kizárás alatt véglegesen kiépült a végponti állomásfej, és elkészült a Hosszúsétatéri műtárgy teljes felújítása.
Ebben a fázisban az utasforgalmat már az új aluljárón és az új D peronon keresztül kellett lebonyolítani. Így már el lehetett bontani az ideiglenes utasátjárót, és ki lehetett építeni az I.–IV. sz. vágányokat az utasperonokkal együtt. Ekkor a III. és IV. sz. vágányok kezdőpont felőli bekötése csak ideiglenesen volt megoldható, mivel a II. sz. torony elbontása még nem volt lehetséges.
A fázis végén, a szabadbattyáni bal vágány ideiglenes átkötését megszüntettük, és így a végponti állomásfej véglegesen kialakult.
8. fázis
Az új elektronikus biztosítóberendezés üzembe helyezésének a fázisa volt. Ebben a fázisban a pályaépítésnél csak utómunka jellegű munkákat lehetett végezni.
9. fázis
Az új elektronikus biztosítóberendezés nem volt illeszthető a meglévő régi és elavult két típusú biztosítóberendezéssel, emiatt bizonyos pályaépítési munkákat már csak az új biztosítóberendezés üzembe helyezése után, ebben a fázisban lehetett elvégezni.
A fázis kezdésének feltétele volt, hogy az utasforgalmat már az állomás I.–IV. sz. vágányain lehessen lebonyolítani. Ekkor a II. torony még állt, így a IV. sz. vágány a kezdőpont felől ideiglenes nyomvonalon volt bekötve a páros állomásfejbe. Az V. és VI. sz. vágányok kezdőponti részének megépítése és a páros fejbe való bekötése is csak a torony bontása után volt lehetséges.
Elbontottunk 2 csoport ideiglenes kitérőt, melyek a korábbi építési fázisokban biztosították a Székesfehérvár–Börgönd vonalszakasz bekötését az állomásba, valamint a fűtőház kezdőpont felőli kapcsolatát. Az ideiglenes kitérők elbontása után végleges nyomvonalon kiépült a Székes­fehérvár–Dinnyés bal vágány.
Elbontottuk továbbá a X. és XIII. sz. tehervonati vágányok helyén épült ideiglenes utasperonokat, a rajtuk levő ideiglenes felsővezeték-tartó oszlopokkal együtt. Így megépülhetett a X. és a XIII. sz. vágány is.
A II. torony bontása után teljesen kiépültek a III.–VIII. sz. vágányok a peronnal és a perontetővel, valamint megtörtént a tehervonati vágányok végleges bekötése a páros állomásfejbe.
Ebben a fázisban különleges forgalmi intézkedésekre volt szükség, mivel a négy vágány nem volt elégséges a teljes nyári forgalom lebonyolításához. Egyes vonatok kerülő útirányon, Székesfehérvár állomást elkerülve közlekedtek, illetve csak Gárdony állomásig közlekedtetve volt lehetséges a forgalom lebonyolítása.
Az átépítéssel növekedett a szolgáltatás színvonala, a mai igényeknek megfelelő, korszerű vasúti csomópont alakult ki. Megfelelően ütemezett karbantartással sokáig fenntartható ez a színvonal.
Az átépítés során sok résztvevőnek kellett együttműködnie (üzemeltetők, forgalmi szolgálat, hatóságok, a párhuzamosan futó projektek: GSM-R projekt, elektronikus biztosítóberendezési projekt, kormányablak projekt). A fenti szervezetekkel folytatott számos egyeztetésnek köszönhetően valósult meg jó minőségben és sikeresen az átépítés.